

Allora facciamo un riepilogo:
FONTI DI INQUINANTI IN ACQUARIO
Cibo in eccesso -----> sostanza organica e azoto
Vegetali marcescenti --------> sotanza organica e azoto
Cacche -------> sostanza organica e azoto
CEPPI BATTERICI DEL FILTRO
1)Batteri eterotrofi che si cibano si sostanza organica producendo energia bruciandola con l'ossigeno (ossidandola) e usandola per costruire nuovi batteri
2)Batteri autotrofi che per produrre energia (nel nostro caso!) "bruciano" (ossidano) ammonio a nitrito e nitrito a nitrato, per produrre nuove cellule usano il carbonio dei bicarbonati e non la sostanza organica.
E' evidente che ci servono entrambi e che comunque in presenza del loro rispettivo cibo si svilupperanno entrambi; che lo vogliamo o no.
POSSONO VIVERE "FELICEMENTE" INSIEME?
Sì, ma solo se il rapporto tra sostanza organica e numero di batteri che se la mangiano è basso.
Se non è basso vanno in crisi i nitrificanti (che sono autotrofi e quindi più deboli. Es. parallelo: carnivoro contro vegetariano)*
Vanno in crisi vuole dire che la nitrificazione può: rallentare (non tutto l'ammonio viene portato a nitrati), si inibisce parzialmente (ed ecco che troviamo i nitriti, perché tra i due ceppi che fanno ammonio--->nitriti e nitriti--->nitrati il secondo è più "debole" del primo. Sarà vegano?*

Nota: Quest'ultimo passaggio chiarisce perché siamo arrivati fin qui dalla domanda di @Sini
COSA SUCCEDE SE .......
A) Se in maturazione ho fato sviluppare solo i nitrificanti (non inserendo cibo o altra sostanza organica) quando metterò le bestiole e il cibo potrò avere un alto rapporto tra sostanza organica e batteri che se ne nutrono e quindi il rischio sarà una crisi della nitrificazione.
B) Se in maturazione si sono già abbondantemente sviluppati entrambi quando metto cibo e pesci la nitrificazione non ne risentirà perché il rapporto tra sostanza organica e batteri che se ne nutrono non sarà alto
PRECISAZIONI E VARIE
* onnivori, carnivori, vegetariani e vegani sono OT e servivano da esempio
Eterotrofi e autotrofi sono una caratterizzazione attribuibile a qualunque batterio (per es. anche quello della scarlattina. E' un po' come dare un tratto distintivo ad una persona in base al fatto se sia destro o mancino. Può interessare o no a seconda di cosa si sta discutendo).Quindi non è corretto dire che gli eterotrofi rimuovono la sostanza organica e gli eterotrofi fanno la nitrificazione. E' corretto dire che chi rimuove la sostanza organica è eterotrofo (come tanti altri) e chi porta l'ammonio a nitrati è autotrofo (come tanti altri). Il punto è che gli autotrofi sono più deboli e messi in crisi dagli eterotrofi; per questo ho introdotto il concetto.
Non mi pare neanche corretto dire che gli eterotrofi stanno sul fondo e gli altri vanno in giro per la vasca ....... entrambi possono essere "coltivati" adesi (come nel caso del filtro dove sono presenti entrambi) che sospesi (in giro nel liquido dove vivono, nel nostro caso la vasca). E' ovvio che se ho un pezzo di cibo sul fondo si coprirà di batteri eterotrofi.
Autotrofi o eterotrofi non comportano in maniera diretta patogenicità o meno. In acquariologia avevo letto tempo fa che alcuni ipotizzavano correlazione tra i nitrificanti (che sono autotrofi) e il buco dei ciclidi. Ma non ne so nulla.