In caso qualcuno si trovi in questa situazione, dopo aver finito vi posso raccontare la mia esperienza a riguardo.
Allora in realtà sembra piu' complicato di quanto non sia, cio' che e' importante da quello che ho notato e' annotarsi le cose: con un pennarello indelebile ho segnato l'ordine dei vetri. Per pulire i vetri dal vecchio silicone, basta una mano leggerissima con un cutter e rimuovere il grosso con spatole di plastica dura. Tutto cio' che rimane, si puo' facilmente togliere con diluenti appositi per siliconi, io ne ho usato uno della fidea.

Per quanto riguarda l'incollaggio, basilare secondo me e' una mascheratura con scotch adeguato, una buona pistola (la mia era difettata e non spingeva adeguatamente lo stantuffo del silicone) e giustamente come suggeritomi un buon ordine, avere tutto cio' che puo' servire sotto mano, per essere rapidi precisi e puliti.

Avendo rifatto tutto due volte, perche' la prima volta per via della pistola difettata c'erano un sacco di bolle tra i vetri, ho potuto provare due siliconi differenti e a mio modesto parere la steseura e l'incollaggio con il dowsil e' di gran lunga migliore (la prima volta ho usato del pattex per acquari, mi e' sembrato piu' liquido in stesura, quindi piu' facile formare bolle in caso di stesura inconstante, e da ascuitto al tatto meno denso)

Spero che possa servire a qualcuno