Intendi questo?
In tal caso basterebbe tenere i pesci in una vaschetta di plastica (con acqua del vecchio acquario e filtro con qualche cannolicchio del vecchio) per i 5-6 giorni del buio + trattamento con acqua ossigenata? Preferirei questa strada perchè comunque non ho possibilità di tenere perennemente un secondo acquario, sarebbe solo per il tempo dell'avvio del principale.
E riguardo al togliere la ghiaia, dato che sotto c'era un terriccio fertile e che ora è pieno di radici, io toglierei prima tutta l'acqua, i pesci e gli arredi senza intorbidirla, svuoterei poi il fondo manualmente, risciacquerei la vasca con AO e poi reintrodurrei l'acqua tenuta da parte. A quel punto, la terapia del buio avverrebbe a vasca vuota, di fatto sul filtro e sull'acqua.