L'acqua ferma non è un problema anzi evita la dispersione di CO2 per le piante.
Il materiale organico ci mette un po' a decomporsi e comunque un po' sul fondo tra piante e fauna lo avrai sempre, è una cosa normale

Per il pesciolino puoi provare a prenderlo con un bicchierino, per nutrirlo una volta che lo avrai in vaschetta a parte prova con il Nobil Fluid Jbl che è un mangime liquido per avanotti molto piccoli.
Puoi provare anche le uova di artemia.
Finché è in vasca probabilmente trova della microfauna ma come dice Roby se arriva il picco dei nitriti è a rischio