Se ci sono due centimetri d'acqua sopra al fondo, i pesci sarebbero sicuramente più al sicuro nei sacchetti. Senza contare che in due centimetri d'acqua sono facilissimi da prendere e mettere al sicuro anche i pesci più sfuggenti.
Questo é quello che farei io. Io sono pigro, piuttosto che alzare la vasca con 30-40 kg di fondo, acqua e piante (oltre al peso della vasca) preferirei rifare tutto. Così ho fatto, e così rifarei.

Concordo con Sax, ho avuto una esperienza simile ma in maniera molto molto più ridotta... ovvero spostare la vasca dei pesci rossi da casa mia a casa dei miei (due piani più sopra).. ovviamente l'ho quasi svuotata, ma nel fare le scale, quei pochi scossoni, hanno rimescolato tutto il fondo... non vi dico che putiferio..

Fossi io a dover traslocare e trasportare la vasca farei così:
svuoterei completamente la vasca, ripulita di tutto;
butterei il fondo (se poi hai ghiaia più fondo fertile sarà impossibile separali);
prenderei un tupperware abbastanza grande (quelle scatole di plastica con il tappo), tipo 20 litri e dentro vi metterei i cannolicchi e i legni (se proprio voui fare la finezza ti prendi una pompa da campeggio che funziona con la batteria della macchina, di quelle che entrano nelle taniche, per muovere acqua all'interno del tupperware - della osculati costa 7 euro);
acqua vecchie nelle taniche (più ne porti e meglio è)
pesci in sacchetti e piante nei piatti di carta con lo Scottex bagnato (come per le spedizioni).

Poi come dice Sax, toxivec di scorta...