È probabile che, dato il piccolo filtro e l'alto carico organico, in acquario i nitriti siano alti. In pratica i pesci si stanno intossicando.
I carassi sono molto robusti, sopportano bene bassi livelli di inquinamento, ed è questo che ci fa pensare che stiano bene.
Come ti dicevo, fai dei cambi quotidiani del 20%, ma finché staranno in quel minuscolo spazio i livelli di inquinanti si alzeranno in continuazione...

L'aeratore è un palliativo, può aiutare ad ossigenare meglio l'acqua, ma non elimina gli inquinanti.
Le piante invece li usano per la fotosintesi

Quando ti arriva il ceratophyllum, semplicemente buttalo in acquario senza problemi, lascialo galleggiante

O comunque lo avresti visto sfregarsi contro gli arredi.
Comunque il pesce in foto non sta per niente bene, conviene isolarlo per tentare una cura.
Procurati una vaschetta di plastica da almeno 10 litri (va bene anche una tipo Samla di Ikea) e spostaci il pesce

Ogni volta che cambi l'acqua, o anche per riempire la vaschetta di quarantena, dovresti usare acqua agli stessi valori di quella che togli. Questo per evitare ai pesci di subire sbalzi di valori (compresa la temperatura).
Quindi cerca per lo meno di mantenere sempre la stessa proporzione tra acqua in bottiglia e rubinetto.
I valori vanno bene, ma come dicevo è molto probabile che in acquario i nitriti siano alti.
Per farti un'idea dell'uso dell'acqua di rubinetto dai un'occhiata qui: Acqua di rubinetto: va bene o no per l'acquario? ...
Ti consiglio anche di leggere Ciclo dell'azoto e filtro biologico in acquario ... per capire meglio come "funziona un acquario"

Ah, per il coperchio non c'è problema, basta che i pesci non saltino fuori.