Forum acquariofilia facile: allestimento e gestione facile dell' acquario, tutto sui pesci tropicali

Artic1 ha scritto: ↑

18/02/2023, 6:31

Che studio?

Non ho il link sul telefono, questa sera lo posto.

Aggiunto dopo 1 minuto 20 secondi:
Se il buon @cicerchia80 passa prima, magari lo posta lui

malu ha scritto: ↑

18/02/2023, 9:26

Artic1 ha scritto: ↑

18/02/2023, 6:31

Che studio?

Non ho il link sul telefono, questa sera lo posto.

Aggiunto dopo 1 minuto 20 secondi:
Se il buon @cicerchia80 passa prima, magari lo posta lui

ecco caro, giratomi dalla Walstad in persona
https://journals.plos.org/plosone/artic ... ne.0023281

Mah... secondo me Artic1 nella sua vasca ha selezionato i Commamox Nitrosospira, quelli che mangiano tutto !

Il bello è che si va sempre avanti con la conoscenza.... Molto di quel che abbiamo preso per buono in anni di acquariofilia, in un attimo se ne va a "donne di facili costumi"

Questo deve indurre IMHO a non aver troppe certezze
@Certcertsin la lavagna

Aggiunto dopo 4 minuti 52 secondi:
Naturalmente, parlo per me e con particolar riguardo a conoscenza di basso livello.
Però, se c'è una cosa ovvia che la Musica a me insegna è che non si finisce mai di imparare (o d'imparare).
do mi sol do sol mi dooooo

​

malu ha scritto: ↑

18/02/2023, 16:02

donne di costumi

​

mmarco ha scritto: ↑

18/02/2023, 16:13

la Musica a me insegna

Si la do

Aggiunto dopo 33 secondi:
Torno dietro lo spartito.

Certcertsin ha scritto: ↑

18/02/2023, 17:59

Torno dietro lo spartito.

Forse sì

Aggiunto dopo 2 minuti 51 secondi:

Certcertsin ha scritto: ↑

18/02/2023, 17:59

Si la do

È un embrione di melodia ma non possiamo definirla "scala" e neanche "arpeggio".
Siamo OT?
si la dooooo

Faccio una sintesi per tutti e cito testualmente quelli che credo siano i punti più salienti e da tenere a mente:

The aquaria selected for sampling ranged in pH from 7.6 to 9.2

Quindi non hanno provato in un acquari a pH ben sotto al 7. Di fatto un caso studio potrebbe essere la mia vasca da 75lt a pH8. Non quella a pH 5,3 da 300lt. 

As expected, significant positive correlations were observed between ammonium and nitrite concentrations (r = 0.48, p<0.05; Table S2) and nitrite and nitrate concentrations (r = 0.52, p<0.05; Table S2).

Quindi esiste una correlazione statisticamnete forte tra contenuti di ammonio, nitrito e nitrato.
Ciò significa che l'ammonio raramente scappa al processo osssidativo (almeno nelle vasche in esame, che sarebbe stato bello sapere quante piante avevano, di che specie ed a che velocità si sviluooavano)...

For 12 of the freshwater biofilters, thaumarchaeal amoA genes represented the entire detected amoA gene signal,

Quindi poco meno del 50% delle vasche aveva solo materiale genetico di archea, coinvolto nel processo di ossidazione dell'azoto. Le altre sia materiale gebetico di archea che di batteri "normali". 
Questo conferma l'importanza degli archea ma non la loro unilaterale presenza ne tantoneno la loro unilaterale attività nel processo. 

For both commercially available aquarium supplements, AOB amoA genes were abundant, and both AOA amoA and 16S rRNA genes were below detection limits.

Quindi conferma che i bioattivatori apportano solo batteri e non archea.

AOA were numerically dominant in 23 of 27 freshwater biofilters, and in 12 of these biofilters AOA contributed all detectable amoA genes.

Qui ci dice che numericamente gli archea sono dominanti in 23 su 27 vasche e che addirittura, su poco meno del 50% dei casi, questi contribuiscono a tutto il materiale genetico relativo al ciclo dell'azoto, come conferma anche qui:

for the majority of samples, bacterial 16S rRNA genes greatly outnumbered thaumarchaeal 16S rRNA genes

Quindi vorrebbe dire che i batteri ci sono in gran numero, nel film, ma non contribuiscino direttamente alla ossidazione dell'azoto, cosa che invece fanno gli archea in quantità molto più rilevante dei batteri.
Cosa confermata anche in modo visivo dal grafico. I batteri ci sono e sono la maggior parte, ma gli archea sono quelli che hanno il maggior numero di dati genetici relativi all'enzima coinvolto nell'ossidazione dell'ammonio, in maggioranza.
Ma andiamo avanti. 

For all aquaria, bacterial amoA gene copy numbers were at least three orders of magnitude less than bacterial 16S rRNA genes

Qui ci dice che, in tutti gli acquari, il materiale genetico batterico codificante l'enzima ammonio-monoossigenasi (coinvolto nel ciclo dell'azoto) sono almeno tre ordini di grandezza di meno di quanto trascritto alla fine in RNA.
Quindi suppongo voglia dire che il DNA codificante l'enzima ammammonio-monoossigenasi viene trascritto in modo molto forte rispetto a quanto effettivamente presentr nel genoma dei batteri. 
Questo pare voler dire che i batteri anche se hanno poco DNA relativo a quell'enzima, lo trascrivono molto. Ma da li a dire quanto ciò sia rilevante nel processo ossidativo dell'ammonio, ce ne vuole. 
 
Bisogna conoscere la vita e l'attività dell'enzima stesso per poter affermare quanto questo sia rilevante nel processo. Non basta guardare quanto materiale genetico c'è che lo riguarda e quante volte viene trascritto in RNA per quantificarne l'attività reale. 

Questo perché non è detto che la quantità di enzima presente sia misura di quanto la cellula lo usa e di quanto sia efficace nell'usarlo.
Sarebbe molto meglio una comparazione in cella climatica della velocità di trasformazione dell'ammonio in colture in vitro batteriche e archeobatteriche a confronto.
 
Quindi direi che questa informazione possiamo accantonarla perché non ci dice quanto quell'enzima conti nella reale ossidazione dell'azoto.

For freshwater aquaria, we observed a significant negative correlation between ammonium concentrations and the proportion of amoA genes belonging to AOA rather than AOB (r = −0.85, p<0.001, R² = 0.72; Fig. 2 and Table S3).

Ok, qui pare rispondere a parte di ciò che ho scritto sopra e identifica una correlazione forte tra la quantità di materiale genetico relativo all'enzima ammonio-monoossigenasi degli archea, piuttosto che dei batteri. Confermando che è più importante la presenza degli archea (anche se numericamente molto inferiori), rispetto ai batteri.

DGGE patterns revealed shared bands between aquarium biofilters from the same location (e.g. FW8 and FW9, FW25 and FW26, and SW1 and SW2), indicating that location-specific factors likely influenced the specific composition of AOA.

Questo anche credo sia molto importante. 
Hanno trovato una correlazione tra zone e tipologia di archea presenti.
Questo vuol dire che a seconda della zona in cui sei potrai avere archea differenti.
 
Quindi il concetto di prendere acque di acquari provenienti da altre zone ed inserirle nel nostro... potrebbe favorire la formazione di ampia variabilità di specie tra gli archea presenti nel nostro acquario, stimolando la formazione di una colonia con più specie (o almeno con maggiore variabilità genetica). E questo non può essere che un bene visto che la biodiversità è indispensabile per superare i problemi che può incontrare la colonia batterica.

Nonmetric multidimensional scaling (NMDS) using densitometric curves generated from DGGE fingerprints revealed that freshwater and saltwater fingerprints were largely separated in two-dimensional space. However, some freshwater samples (e.g. FW1, FW12, FW15) were intermediate to freshwater and saltwater clusters (Fig. 3C).

Era tantissimo che non vedevo una corsa su gel elettroforetico ​  
In questa già si vede a vista che acqua salata e dolce son ben diverse a livello di colonia batterica/archea, anche se alcune sono, un po' intermedie. Magari provengono da vasche delo stesso proprietario o da vasche con "contaminazione" reciproca (es: lo stesso negozio).
​​​​​​Ovviamente se una correlazione si vede già a vista... Il calcolo statistico conferma ampiamente, come riportato.
 
 
Ok ora dopo tutto sto popò di articolo però non ho capito questa frafrase Malu;
​

malu ha scritto: ↑

17/02/2023, 20:34

Non se lo studio sul riesame della nitrificazione è corretto....a quanto pare gli AOA lavorano bene anche con bassa presenza di ammonio.

Riferito a questo:

Artic1 ha scritto: ↑

17/02/2023, 20:23

Se l'apporto ammonicala si riduce per troppo tempo la flora batterica nitrificante si indebolisce e ti ritrovi con le filamentose in vasca anche se la vasca ha anni alle spalle.

La ricerca posta dati di Archea e Batteri messi a confronto in vasche a basso contenuto di ammonio. 
Peraltro nella discussione dice che le colonie di batteri sono presumibilmente più importanti di quelle degli archea quando le concentrazioni di ammonio sono rilevanti ed aumentano. Considerando che il loro studio ha previsto analisi in quantità di ammonio dieci o cento volte più basse di quelle che interessano le nostre conconcimazioni non credo che si possa definire se gli archea riescano a permettere una buona ossossidazione dell'ammonio a concentrazioni come le nostre.
L'articolo cita un'altra ricerca

Foesel and colleagues (2008) found that Nitrosomonas-like AOB were numerically dominant in a marine aquaculture biofiltration system receiving high-ammonia influent (ranging from 340–1700 µg L⁻¹).

Che parla di batteri come dominanti in ambienti con concentrazioni di 0,3-1,7 mg/l di NH4.
Concentrazioni molto più simili a quelle che raggiungiamo in vasca con una somministrazione di fertilizzante.
 
Infine aggiungo che, in ogni caso, il rapporto C/N della biomassa batterica ed animale è più alto del rapporto C/N della biomassa vegetale, pertanto resta prioritario un sufficiente apporto azotato per permettere la formazione di cellule batteriche ed animali. Se il contenuto di N in vasca è troppo esiguo per lungo tempo i primi a risentirne sono gli animali ed i batteri, dato che hanno bisogno di più azoto rispetto alle piante.
 
Attendo approfondimento che mi interessa!

Intendevo dire che la tua frase: "Se l'apporto ammonicale si riduce per troppo tempo la flora batterica nitrificante si indebolisce" non sarebbe corretta in caso di gestione della nitrirficazione da parte degli archeobatteri in quanto molto funzionali proprio in vasche (vecchie) con bassa presenza di ammonio, colonie che quindi non sarebbero soggette ad indebolimento, ma perfettamente adattate a queste situazioni.....tanto da sostituire tranquillamente gli AOB in caso di diminuzione di ammonio, magari dopo il picco  tipico della maturazione, tanto per fare un esempio.
Ovviamente in questo studio non hanno potuto considerare le differenze di allestimento, gestione, fauna,flora etc..si sono limitati a rilevare la tipologia di batteri presenti in vasche di comuni acquariofili... non certo in vasche allestite con criteri scientifici, quindi qualche dato potrebbe benissimo essere contestabile o non considerare tutte le possibili variabili; infatti in 4 vasche gli AOA non erano dominanti.
​

Artic1 ha scritto: ↑

19/02/2023, 0:31

Considerando che il loro studio ha previsto analisi in quantità di ammonio dieci o cento volte più basse di quelle che interessano le nostre conconcimazioni non credo che si possa definire se gli archea riescano a permettere una buona ossossidazione dell'ammonio a concentrazioni come le nostre.

Nel caso delle nostre concimazioni, restano gli AOB i principali protagonisti.
Questa alternanza e/o concomitanza (in certi casi) di AOA e AOB è molto interessante e visto che le popolazioni hanno comunque bisogno di tempo per alternarsi, quando iniziamo a modificare la gestione, ne dovremmo tenere conto, per evitare la formazione di picchi indesiderati (ammoniaca, nitriti,) o,quantomeno, non stupirsi se si verificano.

Aggiunto dopo 13 minuti 46 secondi:
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Artic1 ha scritto: ↑

19/02/2023, 0:31

Quindi conferma che i bioattivatori apportano solo batteri e non archea.

Non servirebbero....troppo ammonio all'avvio.

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malu ha scritto: ↑

19/02/2023, 2:07

Intendevo dire che la tua frase: "Se l'apporto ammonicale si riduce per troppo tempo la flora batterica nitrificante si indebolisce" non sarebbe corretta in caso di gestione della nitrirficazione da parte degli archeobatteri in quanto molto funzionali proprio in vasche (vecchie) con bassa presenza di ammonio, colonie che quindi non sarebbero soggette ad indebolimento, ma perfettamente adattate a queste situazioni.

Ok. Ma se queste colonie metabolizzano un decimo o un centesimo dell'ammonio delle normali colonie batteriche, direi che servono a poco o nulla.
Inoltre abbiamo evidenze di vasche con pochissimo apporto azotato che sviluppano filamentose dopo mesi e mesi di assenza di apporti in forma ureica/ammoniacale.
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malu ha scritto: ↑

19/02/2023, 2:07

Questa alternanza e/o concomitanza (in certi casi) di AOA e AOB è molto interessante e visto che le popolazioni hanno comunque bisogno di tempo per alternarsi, quando iniziamo a modificare la gestione, ne dovremmo tenere conto, per evitare la formazione di picchi indesiderati (ammoniaca, nitriti,) o,quantomeno, non stupirsi se si verificano

Concordo pienamente. Infatti in vasche come quelle suddette, spesso si ha picco nitriti quando si ricomincia a dare azoto ureico o ammoniacale. 
È una bella ricerca perché dimostra che non sono solo i soliti batteri ormai stranoti ma che c'è altro.
Sarebbe stato bello avessero preso vasche a pH acidi oltre che basici. Ma la ricerca mi è piaciuta.
Poi erano anni che no vedevo una corsa su gel da elettroforesi. Tempi della tesi triennale in genetica. Pare una vita... Caricare quei pozzetti era una tortura. ​   Poi scanner ad UV ed avevi da "raddrizzare" ​​​​​​tutte le immagini in base al ladder di riferimento, perché la corsa non era mai perfettamente lineare ma arcuata verso il centro...
Che bei ricordi