Se sostituisci filtro dovrà co.unque maturare da zero, quindi come ipotesi la scarterei.
Ti piace di più col filtro perciò terremo il filtro

consapevoli (come peraltro hai già scritto tu) che essendo non molto performante parte dei batteri agira in vasca, quindi ci sono da prendere le stesse accortezza di un senza filtro (buona piantumazione e ci stai già lavorando, fondo in autogestione senza sifonatura, pochi interventi di pulizia in vasca).
Se li trovi, concordo con l'idea di Roby di mettere i cannolicchi per aumentare la superficie pro-batteri e la loro efficacia, se non li trovi o non te la senti di aprire il filtro lo puoi cmq tenere come pompa di movimento e fare affidamento al sistema biologico che si creerà in vasca per il controllo degli inquinanti